Nastavni plan i program u Franjevačkoj je klasičnoj gimnaziji dvojak: jedan razredni odjel novoupisanih učenika obrazuje se prema planu i programu klasične gimnazije, a drugi usporedni odjel po planu i programu jezične gimnazije.

Nastavni planovi uglavnom se razlikuju u satnici živih i klasičnih jezika, a (manje) i u satnici matematike i psihologije.

• Po planu i programu klasične gimnazije učenici uz jedan živi jezik uče i klasične jezike latinski i grčki od I. do IV. razreda. U III. i IV. razredu mogu fakultativno (prema vlastitom izboru) učiti još i drugi živi jezik – njemački.

• Po planu i programu jezične gimnazije učenici uče dva živa jezika (prvi engleski i drugi njemački) od I. do IV. razreda, a latinski u I. i II. razredu. U III. i IV. razredu mogu fakultativno (vlastitim opredjeljenjem) učiti i treći živi jezik – talijanski.

U Gimnaziji se primjerena pozornost posvećuje i svima ostalim nastavnim predmetima pa se u oba nastavna programa učenicima pruža pouzdana osnova za stjecanje radnih navika, znanja i vještina potrebnih za uspješno polaganje državne mature i nastavak školovanja – različite stručne i znanstvene studije